Le COA est composé d´un Institut Supérieur des Sciences et Pratiques Médicales Mixtes (ISSPMM), d’une Unité de Recherche et d´Amélioration des Produits (URAP), d´un Jardin et Conservatoire des Plantes Médicinales Africaines (JCPMA), d´une Clinique de Médecine Mixte, d´un Réseau d´Echanges et de Valorisation des Savoirs (REVS) et d´une Direction Générale
Dans l’exercice de ses missions, les différentes composantes jouissent d’une autonomie scientifique et pédagogique pour mieux orienter la politique de formation et de recherche définie par les instances du COA. Elles coopèrent pour la planification verticale et horizontale des programmes d’étude.